Michał T. Godziszewski jest specjalistą w zakresie logiki i jej zastosowań (w matematyce, filozofii i informatyce), sztucznej inteligencji (specjalność – teoria systemów wieloagentowych: algorytmiczna teoria gier, analiza sieciowa, obliczeniowa teoria wyboru społecznego) i informatyki teoretycznej. Obecnie zajmuje się przede wszystkim analizą algorytmiczną sieci społecznych i gier Stackelberga, złożonością obliczeniową w teorii gier oraz ich zastosowaniami do modelowania systemów bezpieczeństwa.